本发明公开了一种从生产维生素K3的废水中提取甲萘醌的方法，属于精细化工生产技术领域，该方法具体包括以下步骤：S1：将维生素K3废水进行酸化处理，过滤，制得固体A；S2：将S1所得的固体A进行脱磺酸基反应，过滤，制得固体B；S3：将S2所得的固体B进行氧化反应，对反应固体产物进行分离纯化，制得甲萘醌。本发明具有条件温和、耗能低和成本小的优点，从废水中所提取的甲萘醌，完全满足制备可溶性维生素K3的要求，所制备的MSB达到国家标准，实现了“变废为宝”和“绿色生产”，具有良好的环境效益和经济效益。