本发明公开了一种基于预激活巨噬细胞膜的仿生囊泡复合物及其制备方法和应用，所述仿生囊泡复合物是膜包核结构，其核为聚集发光光敏剂复合物，其膜是预激活巨噬细胞膜。其制备步骤包括：特定病原体刺激巨噬细胞，提取表达特定病原体特异性受体的预激活巨噬细胞膜；制备聚集发光光敏剂复合物；提取得到的巨噬细胞膜、聚集发光光敏剂复合物进行水浴超声处理，得到仿生囊泡复合物。仿生囊泡复合物可在制备杀伤特定病原体药物、光动力治疗特定病原体相关疾病药物中应用。本发明优点包括：可实现病灶特定病原体肉芽肿和肉芽肿内病原体的双重靶向，然后在近红外光照射下实现靶向PDT，增加疗效、减少疗程，降低药物的毒副作用，实现综合精准治疗，达到多模态综合治疗的目的。