本发明提供一种高氯高硝酸根苯胺废水的处理方法，属于废水处理领域。该处理方法包括对废水进行预处理的步骤和对预处理后的废水进行生化处理的步骤。预处理的步骤包括：先将纤维素废水、某苯胺类火炸药与硝化棉废水按比例混合后经混凝沉淀处理，沉淀处理后进入生化处理步骤。生化处理的步骤包括分别在缺氧条件下和好氧条件下利用固定化载体上的复合微生物对步骤一预处理后的废水进行生化处理。该废水处理系统主要由混凝沉淀池1、固定化微生物反应塔、沉淀池、臭氧催化氧化塔系统、曝气生物滤池和沉淀池2组成。本发明避免了单一处理方法的不足，能够有效降低废水中的COD、TN和提高废水pH。