本发明公开了一种降低水生态系统中沉积物重金属风险的方法，包括以下步骤：获取木材或秸秆原料粉末；将原料粉末进行发酵、干馏，获得粗级混合液；将粗级混合液自然沉淀后，吸附轻焦油，沉淀重焦油，过滤蒸馏得到木醋液；在木醋液中加入氢氧化钠溶液，蒸发浓缩、冷却结晶、真空干燥获得结晶颗粒；将结晶颗粒与木材或秸秆原料粉末混合均匀，直接覆盖于受重金属污染的沉积物上、与粉煤灰或砂石混合后覆盖于在重金属污染的沉积物上、与重金属污染的沉积物直接混合、或者与粉煤灰或砂石预混后混合至重金属污染沉积物中。本发明所用原材料来源于农业和林业废弃物，低碳环保，成本低，实现了多方面废弃资源的综合再利用，且运用范围广。