本发明属于分子标记技术领域，公开了一种与梨花粉败育性状相关联分子标记及其筛选方法。所述筛选分子标记方法包括：获得杂交组合的F1代群体；基因组DNA的提取纯化及混池构建；BSA‑seq分析；SSR分子标记的鉴定。本发明通过BSA‑seq技术，筛选与目的基因紧密连锁的分子标记，利用所获得的分子标记，便于对目标性状的早期选择，为挖掘决定目标性状的候选基因和解析梨花粉败育性状形成的分子机制打下基础，为通过分子育种途径培育梨优质品种资源提供重要的理论依据。本发明有利于对目标性状的早期选择，为挖掘决定目标性状的候选基因和解析梨花粉败育性状形成的分子机制打下基础。