本发明公开了一种检测重组杆状病毒基因组滴度的方法，包括使用新型prepGEM酶裂解重组杆状病毒，5‑15分钟裂解病毒，2‑10分钟使酶失活，杆状病毒基因组滴度用ddPCR方法检测。本发明操作简单，病毒裂解液可以直接用于ddPCR或qPCR反应。本发明从处理病毒到获得病毒基因组滴度数据，只需要6小时，完全满足用重组杆状病毒系统生产rAAV工艺中，在轮与轮放大生产之间，需要在前一轮生产末快速、准确地检测重组杆状病毒基因组滴度，以确定下一轮生产用于感染昆虫细胞的杆状病毒的精确用量，从而实现用重组杆状病毒生产rAAV级级放大的无缝衔接。