本发明涉及海洋工程技术领域，具体涉及一种植入式嵌岩桩基础及施工方法。一种植入式嵌岩桩基础，适于海床嵌岩施工，包括：平台，设有操作平面和主腿，主腿设有安装通孔；护筒桩，固定穿设于安装通孔内，护筒桩设有导向通孔，护筒桩一端的端面与所述操作平面平齐，另一端的端面深入海床覆盖层直至基岩顶面；至少三个间隔设置的微桩结构，微桩结构固定设于所述导向通孔内，所述微桩结构包括芯杆，芯杆的钻探端固定设于海床基岩内，以使海床基岩与芯杆锚固连接。本发明要解决的技术问题解决了桩基与海床表面存在夹角时，钻孔倾斜导致钢筋笼无法顺利下放，难以形成高质量的混凝土芯柱的问题。