本发明公开了一种计及线路波速变化的行波测距方法及系统，其中方法包括：在目标输电线路端M端或N端进行短路故障试验，获取确定故障行波到达M端的时间T1以及N端的时间T2；基于T1、T2以及已知故障位置计算修正系数k；搭建目标仿真模型，通过仿真建立不同故障点的波速传播特性图并通过修正系数k修正得出波速衰减特性图；当目标输电线路的任意位置发生短路故障时，获取故障行波到达两端的时间t1和t2；基于时间t1以及t2计算故障位置粗略值Lx；确定Lx在波速衰减特性图中相对应的故障行波沿两端的波速度v1和v2；根据v1和v2对双端测距公式进行修正，计算故障位置修正值。