本发明公开了一种频率综合器的频率校准系统及频率校准方法，其可减少频率校准时间，同时可避免校准分辨率降低，从而可确保频率校准结果的准确性，频率校准系统包括计数电路、采样电路、电流镜控制模块，计数电路的输入端连接晶振，用于对晶振产生的参考时钟进行计数，计数电路的第一输出端连接采样电路一端，采样电路为二分频采样电路，用于对压控振荡器输出的频率进行分频采样，采样电路另一端连接计数电路的第二输出端；电流镜控制模块用于调节对电流镜进行控制的控制字，电流镜控制模块的输出端连接电流镜电路，电流镜电路的输出端连接压控振荡器，压控振荡器的输出端输出校准后的频率，频率校准方法应用了上述频率校准系统。