本发明提供一种综测仪补偿信号IQ路时钟偏差的方法及系统，属于综测仪检测技术领域。本发明综测仪内设有时钟偏差补偿模块，对接收的IQ信号进行时钟补偿，所述时钟偏差补偿模块的补偿方法为：读取信号源和预设的IQ路时钟偏差值；根据时长偏差值构建补偿系数；根据补偿系数重构时钟偏差的一路信号；输出信号源补偿时钟不平衡后的补偿信号。本发明还提供一种采用所述综测仪来实现综测仪校准和补偿信号IQ路时钟偏差的方法及系统。本发明纠正掉综测仪本身时钟偏差对矢量信号造成的影响，有效提升了待测设备信号性能的精确性和稳定性。