本发明公开了一种抗菌氟改性环氧乙烯基酯树脂及其制备方法和多机制协同通用防腐涂料。本发明的抗菌氟改性环氧乙烯基酯树脂由包含含氟丙烯酸酯单体、吲哚类化合物和环氧乙烯基酯树脂在内的原料反应得到。本发明的多机制协同通用防腐涂料具有超致密、高强韧、强封闭性能，并且具有优异的耐中性盐雾、耐酸性盐雾/酸性大气及耐湿热性能，可为海洋工程领域、石化电力建筑领域、航空航天技术领域及国防工业领域中各种金属基材，在多种腐蚀因子耦合增强作用，异常严苛的腐蚀环境下，提供高效长期腐蚀防护作用，并极大延长金属基材服役寿命。