本发明公开了一种竖井提水L形分水口结构及其设置方法。所述结构包括竖井、连通管和提水泵；所述方法为：在平原区一侧开挖施工支洞直至主支洞交汇口，同步进行初期支护；主支洞交汇口支护后，分别向上、下游施工开挖输水隧洞并进行初期支护；在山谷内合适位置设置竖井，采用正井法施工竖井；采用岩石顶管机或定向钻自竖井方向向主支洞交汇口施工连通管；竖井底板、边墙进行衬砌，安装提水泵及其输水管道；输水隧洞开挖完成后，依次进行输水隧洞、主支洞交汇口的衬砌施工；对施工支洞进行衬砌或主支洞交汇口封堵处理。本发明适用于输水隧洞向山谷零星城镇小流量分水，具有线路短投资省、环境影响小、降低政策处理难度和施工组织方便等特点。