本发明公开了一种市场主体参与跨省电力现货售电的偏差处理方法及系统，本发明方法包括进行独立量价申报的偏差处理：分别确定市场主体A参与跨省电力现货售电售出的电力P某、按照中长期价格交易的电力P中长期、实际出力P实际及优先发电计划价格S优先；根据P某、P中长期、P实际的相互关系确认偏差资金处理方式。本发明能够实现推进全国统一电力市场交易过程中处理省域内市场主体参与跨省电力现货售电时所产生的不平衡资金，根据不平衡资金的产生原理和不同市场衔接机制，提出了不平衡资金的偏差处理及计算方法，既可以用于历史数据分析，又可以实时指导市场主体量价策略申报，还能为电力市场建设运营的优化和实际电网调度运行提供借鉴。