基于FPGA、eBPF协同的ARP协议处理方法及系统，该方法通过eBPF接收FPGA转发的网络数据包，如果网络数据包为IP数据包，在ARP数据表中查询数据包目的IP的MAC地址，若存在目的MAC条目，若ARP请求计数不大于第一预设阈值，增加ARP信息中的ARP匹配计数；若ARP匹配计数不大于第二预设阈值，提取MAC地址填充到业务IP数据包后再转发到FPGA；若ARP数据包解析结果为ARP请求包，判断是否为解析本机的IP地址请求，若为解析本机的IP地址请求，生成对应的ARP应答包，将解析本机的MAC地址填充进ARP应答包后再转发到FPGA。本发明减少成本，可防止ARP数量过多造成的业务中断。