本发明提供一种以柴油生产清洁航煤的方法，采用特殊结构的固定床反应器，其内从上至下依次分为气相反应区、闪蒸区和气液逆流反应区，油品从闪蒸区进入，氢气从反应器底部通入，气相反应区的顶部设置气相加氢产物出口，气液逆流反应区的底部设置重相加氢产物出口；气相反应区内装填具有高脱氮性能的加氢催化剂，气液逆流反应区内从上至下装填两个催化剂床层，分别为加氢精制催化剂和加氢裂化催化剂。本发明通过特殊结构反应器和催化剂的配合，实现由柴油生产清洁航煤，且得到的重质馏分加氢产物可以作为合格柴油，或作为液相加氢原料，进一步加氢后联产超低硫、低多环芳烃的高品质柴油调和组分，且可灵活调整航煤和柴油产品的比例。