本申请涉及一种保护海域淤泥层上既有建筑物的筑岛方法，其包括以下步骤：S1：在既有建筑物周侧的预定位置上安装围护结构；S2：在围护结构内左侧回填一层砂层；S3：在围护结构内右侧回填一层砂层；S4：重复S2‑S3，直至围护结构内侧与外侧之间的砂层高度差在80cm‑120cm之间；S5：在围护结构内侧的砂层中插入排水板；S6：在围护结构外左侧回填一层砂层；S7：在围护结构外右侧回填一层砂层；S8：重复S6‑S7，直至围护结构内侧与外侧之间的砂层高度差为0‑10cm之间；S9：重复S2‑S8，直至围护结构内侧以及外侧的砂层回填至预定标高处。本申请具有在筑岛施工时能有效地对既有建筑物进行保护的效果。