本申请涉及一种SCR脱硝效能自动寻优调控方法和系统，其中，该方法包括：获取历史数据，基于工况划分点对历史数据进行划分，得到若干工况区间的数据；基于工况区间的数据，构建用于调控NOx生成浓度的自动寻优模型；在实际作业中，根据实际数据中工况指标的当前值，匹配得出对应的工况区间；通过自动寻优模型将工况区间中各个工况指标的数据值，按预设顺序分别进行排序；根据排序的结果，通过自动寻优模型，计算出各个工况指标的最优值。通过本申请，解决了如何兼顾锅炉运行效率和SCR脱硝运行成本的问题，实现了基于寻优模型计算出锅炉机组中各项工况指标的最优值，有效调控炉内NOx的生成浓度进而兼顾效率与成本。