本发明公开了一种晶闸管电流源型变频器输出变压器的控制方法与系统，在确定变频器高压侧输出回路电阻的基础上，确定高压侧直流电流的输出幅值与最大持续时间的关系，进一步确定变频器启动力矩与最大持续时间的关系，最后计算出变频器带输出变压器直接运行时可拖动机组旋转的最大角度，确定变频器输出侧旁路刀闸的运行模式；本发明将变压器交流额定参数用在直流电流传变上，并在此基础上判断变频器在变压器饱和前可拖动机组的旋转角度，以此来判断是否需要采用旁路输出变压器的模式来启动机组，大大降低了旁路刀闸分合的次数，有效避免了变频器启动机组时因旁路刀闸异常造成的启机失败，提升了机组启动的成功率。