本申请提供了一种双相机3D光学荧光内窥镜摄像系统、方法及电子设备，涉及内窥镜技术领域，其技术方案要点是：内窥镜模块，包括第一光路以及第二光路，第一光路与第二光路从不同视角接收混合光，混合光包括白光以及荧光；双相机模块，包括分光器、白光相机以及荧光相机，分光器接收第一光路与第二光路的混合光，并将混合光分离形成两路白光、两路荧光，白光相机接收两路白光，荧光相机接收两路荧光；图像处理模块，根据两路白光融合生成3D白光图像和/或根据两路荧光融合生成3D荧光图像和/或根据两路白光以及两路荧光融合生成3D混合图像。本申请提供的双相机3D光学荧光内窥镜摄像系统、方法及电子设备具有装配简单、成像效率高的优点。