本申请涉及微生物产品的技术领域，具体公开了一种复合菌剂及其应用，所述复合菌剂包括微生物粉剂、有机物料和矿物质；其中，所述微生物粉剂包括细菌；所述细菌包括地衣芽孢杆菌和热噬淀粉芽孢杆菌；所述地衣芽孢杆菌的保藏编号为CGMCC No.24736，所述热噬淀粉芽孢杆菌的保藏编号为CGMCC No.24739。使用上述复合菌剂对粪便进行腐熟处理，能够提高粪便的腐熟速度，增加粪便的腐熟程度，并杀死粪便中的病原菌和虫卵，应用前景广阔。