本发明公开了一种存储胶囊的恒温恒湿空调系统及其控制方法，其系统包括胶囊存储仓、送风管组、回风管组以及两个恒温恒湿机组；所述送风管组包括两个第一送风管和两个第二送风管，两个所述第一送风管中部均设置有第一电风阀，两个所述第一电风阀两端分别通过两个所述第二送风管连接；两个所述第一送风管两端均延伸至胶囊存储仓内部并间隔设置有多个送风口；两个所述第二送风管上均连接有第二电风阀，两个所述第二电风阀分别连接至两个恒温恒湿机组的出风端；所述胶囊存储仓设置有多个回风口，两个所述恒温恒湿机组的进风端分别通过回风管组连接至胶囊存储仓的回风口；本发明能够实现空调系统不停机运行以及温湿度拨动小的优点。