一种基于数据驱动的大规模无人机集群编队仿真加速方法及系统，涉及数字仿真技术领域，以解决传统线性代理模型无法在保证模拟精度的同时有效加速大规模无人机集群编队仿真过程的问题。本发明通过对原始高维无人机集群状态数据进行降维以及使用深度神经网络拟合线性代理模型误差，有效减小了大规模无人机集群编队仿真建模的复杂程度和仿真计算时所需的计算资源，并保证一定的仿真精度。本发明通过建立原始大规模无人机集群编队状态的低维特征子空间的方式显著提升大规模无人机集群编队行为动态过程的仿真模拟速度，且由线性初始模型与深度神经网络组合的复合代理模型可以在加速大规模无人机集群编队行为仿真速度的同时保持较高的模拟精度。