本发明公开了一种激光源输出控制系统及控制方法，第一控制单元与所述快门控制单元之间通过光纤双向连接，所述第一控制单元与所述激光模块通过光纤双向连接；激光模块，用于通过高速快门向外发射激光光束；光强探测单元，用于探测激光光束的光强，并将探测激光光束的光强输入到所述第一控制单元；第一控制单元，用于采集激光模块中出射激光光束的光强，并判断出射激光光束的光强与探测激光光束的光强是否相同，若相同，则向快门控制单元发送开启快门信号指令；快门控制单元，用于在所述第一控制单元的信号指令作用下，控制快门开启，将激光光束作为激光源向外出射；发明的有益效果实现了对激光源记性远程控制以及远程实时监控的功能。