本发明涉及电力继电保护技术领域，公开了一种配网保护定值远程整定方法及系统，其方法通过获取继电保护装置的保护定值，并发送至主站，通过主站核对是否执行继电保护装置的保护定值修改程序，并将保护定值发送至指定PC端窗口进行审核，若审核通过，则生成定值执行指令发送至所述主站，通过主站按照定值执行命令将保护定值发送至继电保护装置，检查保护定值与预置的保护定值的格式是否一致，若核对保护定值与预置的保护定值的格式一致，将所述预置的保护定值更新为所述保护定值，并生成修改成功指令发送至主站，从而利用远程修改保护定值，提高了配网保护定值准确性和整定效率。