本发明公开一种卫星终端密钥分发方法、装置及系统，包括：通过卫星信道获取主叫终端所提交的密钥协商请求；向密钥管理平台发送密钥协商请求，以使密钥管理平台基于密钥协商请求生成会话密钥，使用保护密钥对会话密钥进行加密，得到密钥密文，保护密钥由通信双方各自预制密钥库中的一个充注密钥组成；接收密钥管理平台返回的密钥密文及对应的加密密钥序列号；下发密钥密文及对应的加密密钥序列号至通信双方，以使通信双方对密钥密文进行解密。本发明利用密钥管理平台实时生成实际用于工作的会话密钥，并利用通话双方各自预制密钥库中预先充注的密钥作为保护密钥对会话密钥进行加密，生成密钥密文下发至通话双方，确保密钥安全可信下发。