本发明公开了一种生物基轻骨料混凝土及其制备方法，由包括如下体积份计的各组分为原料制备得到：水泥7～10份，粉煤灰7～10份，硅灰0.5～1.5份，轻烧氧化镁粉0.6～1份，细骨料30～34份，改性生物基骨料35～40份，水15～17份，减水剂0.5～1份，引气剂0.1～0.6份；改性生物基骨料为将生物基骨料浸泡在改性溶液中得到；制备方法为：依次将细骨料、水泥、粉煤灰、硅灰、减水剂、引气剂和水倒入混凝土搅拌机中；将轻烧氧化镁粉及改性生物基骨料倒入搅拌机，继续搅拌；将得到的混凝土拌合物装入相应模具，振捣密实。本发明的混凝土可以减少混凝土的收缩开裂，改善硅酸盐水泥与有机生物骨料之间粘结性能。