本发明提供一种适用于UHVDC直流滤波器的在线故障检测方法及系统，方法包括：当继电保护检测到直流滤波器失谐后，故障录波器会进行故障录波并产生录波文件，根据录波文件中直流滤波器相关的录波数据，计算失谐后各并联支路的谐波电流比，并通过判断其是否超出对应的阈值，即可确定失谐元件所处的并联支路，最后通过计算理论和实际的谐波阻抗偏移量误差即可定位到失谐元件。本发明解决了现有技术针对阻尼型双调谐直流滤波器中的失谐故障元件的故障检测效率低及准确率低的技术问题。