本发明公开一种基于功能码和业务数据相关性的工控异常检测方法，包括：采集工控通信报文；解析工控通信报文，提取功能码和工控业务数据；学习建立功能码和工控业务数据对应基线：比较多个周期中每个功能码出现前后的业务数据序列，剔除离散点，并对每个功能码对应的除离散点外的其他数据取均值作为当前功能码的基线值，由此计算得出所有控制功能码对应的前序业务数据基线和后续业务数据基线；应用基线，检查实际工控业务是否异常。本发明通过学习控制功能码和业务数据的对应关系，建立控制系统和业务系统的关联关系和数据基线，利用序列相似性算法，检查基线和实际数据的相似性，既可以判断控制系统异常，又可以判断公开业务系统异常。