本发明公开了一种滤嘴烟支切割分离系统及方法，包括输送机构、自动理料机构和切割分离机构，卷烟通过输送机构的筛选装置将残缺的卷烟剔除，并将完好的卷烟输送至自动理料机构，自动理料机构包括承烟轮、用于检测卷烟烟支端位置的方向识别装置和用于将卷烟按烟支端方向移动至对应切割工位的调整装置，所述承烟轮从所述料斗中取料，卷烟进入承烟轮轮槽并随其转动，通过方向识别装置、调整装置，将所有烟支端朝向外侧的卷烟均移动至所述承烟轮轮槽另一端的切割工位；切割分离机构通过切割分离卷烟的烟支端和滤嘴端。本申请实现了烟支端和滤嘴端的精准分离，避免了滤嘴中的碳粒进入烟丝而影响其回收质量，提高了烟丝回收的效率，节约了生产成本。