本发明公开了一种复合微生物制剂及其制备方法和保存方法，涉及微生物领域。本发明通过对发酵过程中的pH进行分阶段调控，能够提高乳杆菌和肠球菌的混合发酵效果，平衡两种菌种数量与活性，提高菌剂质量，解决乳杆菌抗逆性弱的短板，有效避免或减少混合发酵中出现杂菌。本发明还提供了保存试剂，其能有效延长上述复合微生物制剂的保存期限，在30天和90天的保存时限内，菌量均没有明显的下降，保存效果优于于现如今的乳杆菌和肠球菌复合微生态制剂，大大促进了生产活动。