本发明提供一种离子源辅助沉积系统、沉积方法及真空镀膜设备，涉及真空镀膜技术领域。离子源辅助沉积系统包括阴极、阳极、进气管和绝缘外壳；阴极具有靶面，阴极接有阴极电源；阳极环绕靶面设置，阳极突出于靶面，阳极接有阳极电源；进气管的出口位于阴极与阳极之间；绝缘外壳环绕靶面设置，以形成电离室，阳极位于电离室内。上述离子源辅助沉积系统能够增加工作气体的离化率，在小气流量的情况下保持放电稳定性，能够降低等离子体在向外喷射过程中与工作气体原子碰撞的频率，从而降低等离子体的能量损失，且等离子体的运动方向不易改变，最终保证有足够多的等离子体到达基片，增强沉积效果，提高膜层质量。