本申请涉及磁传感器领域，提供一种基于长方体硅基通孔的三维磁传感器及其制造方法。所述基于长方体硅基通孔的三维磁传感器，包括长方体硅基底和三个薄膜磁阻单元，三个薄膜磁阻单元分别形成于长方体硅基底的三个相邻面的表面，三个薄膜磁阻单元通过长方体硅基底内部的硅通孔导线相互连接，所述硅通孔导线从长方体硅基底的三个相邻面垂直延伸到长方体硅基底内部进行连通；三个薄膜磁阻单元均设置有金属电极，所述硅通孔导线与三个薄膜磁阻单元的金属电极形成为一体。本申请本申请通过硅通孔导线实现三个薄膜磁阻单元的电气互联，集成度高、可靠性强，同时充分利用垂直空间实现高密度三维磁传感器的集成，体积小、功耗低。