本发明公开了一种防治烟草赤星病的组合物、制备方法和应用，涉及农药领域，解决了在防治烟草赤星病时，如何减少化学农药使用量的问题。本发明防治烟草赤星病的组合物，包括生防菌剂、异菌脲和助剂，其中，生防菌剂为枯草芽孢杆菌YWF‑21‑2103制得的发酵液，并且生防菌剂与异菌脲的体积比为4∶1。该组合物通过生防菌剂和异菌脲共同防治烟草赤星病，对烟草赤星病病原菌有很强的抑制作用，对烟草赤星病显示出很好的防病效果，而且还具有病菌不易产生抗药性、增效作用明显、成本低、效果好、对环境友好的优势；另一方面，该组合物通过生防菌剂和异菌脲共同防治烟草赤星病，能够在很大程度上减少化学农药的使用，减少环境污染，提高作物品质和安全性。