本发明属于抗寄生虫兽药技术领域，具体涉及一种侧孢短芽孢杆菌及其在反刍寄生虫防治中的应用。在所述用途中，所述反刍动物消化道寄生虫选自线虫、绦虫或球虫，所述反刍动物优选牛或羊。本发明所述侧孢短芽孢杆菌或其代谢产物具有广谱抗反刍动物消化道寄生虫的作用，可对虫卵和幼虫产生抑制发育和杀灭的效果，不产生耐药性，无药物残留。本发明还发现将侧孢短芽孢杆菌与其他常用防治反刍寄生虫的药物联用能够产生协同增效的抗反刍寄生虫作用，可以显著降低其他常用防治反刍寄生虫药物的用量，进而降低其毒副作用。