本发明涉及一种热塑性芯片的键合装置以及键合方法。其中的键合装置包括键合模块、储液模块以及废液回收模块，键合模块包括键合容器、上压板以及下基板，所述上压板以及所述下基板均设置在所述键合容器内，所述上压板以及所述下基板可沿竖向相对开合运动，待键合的芯片上板和待键合的芯片下板放入到所述上压板和所述下基板之间进行键合操作；所述储液模块包括存储有溶剂的溶剂储液容器以及存储有水溶液的水溶液储液容器，所述溶剂储液容器和所述水溶液储液容器均和所述键合容器连通；所述废液回收模块和所述键合容器连通。本发明可改善溶剂键合中由于溶剂残留而导致的微通道变形和尺寸损失的问题，进而提高热塑性芯片的键合质量。