本发明提供一种燃料电池的装配方法、装配装置及装配设备，属于燃料电池制备技术领域，所述装配方法包括：根据燃料电池以及燃料电池的零部件的关联装配参数，构建燃料电池装配体数字孪生模型；利用燃料电池装配体数字孪生模型进行仿真实验，获取不同零部件尺寸误差下的最优装配参数，建立燃料电池的零部件尺寸误差与最优装配参数的映射关系；获取目标燃料电池的零部件尺寸误差，利用映射关系确定目标燃料电池的最优装配参数；根据目标燃料电池的最优装配参数，控制装配平台对目标燃料电池进行装配。本发明通过建立燃料电池装配体数字孪生模型，可在装配前确定最优装配参数，在装配过程中还可实时动态模拟实际装配过程并对装配平台进行优化调整。