本发明公开了一种涵养土壤的微生物培育基质和养护土壤的方法，待处理的土地按照500~1000mm的间隔控沟，沟深500~600mm，在沟内铺设A组分层，A组分层之上铺设土层，然后撒一层B组分，B组分之上铺一层土，继续铺设A组分，交替进行上述操作，控制最上面两层分别为B组分层和土层，A组分由兼性厌氧菌和基质构成，B组分为微生物菌肥。本发明充分利用作物生长速度慢或土地闲置的冬季对土壤进行涵养，下层酵母菌和基质在厌氧发酵产生一定的热量，促使土壤温度升高，施加的微生物菌肥中的微生物活动能力增强，生长繁殖速度加快，增强了土壤的涵养效果，且酵母菌发酵会产生乳酸等酸性物质，酸化土壤，改善土壤的盐碱化，实现了深度的除碱和除盐。