本发明公开了一种单座苣苔的分子育种方法。本发明以无菌苗的叶片、叶柄、茎为转化受体，将构建的含目标基因的植物表达载体通过根癌农杆菌介导方法将目标基因导入单座苣苔基因组，通过芽器官发生途径分化形成再生植株；在转化芽诱导、转化芽伸长及生根时添加筛选标记基因的相应的、适宜浓度的抗生素筛选转化体，通过Southern杂交、Northern杂交及GUS染色证明所获得的抗性株均为转化株。本发明方法整个操作过程为4个月，一次操作100个叶片外植体，平均可以获得大约11个株系的转基因株系，每个转基因叶片经6周培养可以产生20个以上的芽，再生植株的生根率为100％，转基因植株移栽到土壤的存活率达100％。