本发明提供了一种硅基材料抗菌性保护膜的制备方法。该法包括表面氧化修饰所述硅基材料形成表面抗菌膜，然后再用富含氨基长链化合物溶液处理固定抗菌膜。所述表面氧化修饰中，环氧基硅烷化试剂为3‑缩水甘油丙基三甲氧基硅烷(GPTMS)、3‑环氧丙氧基丙基二甲基乙氧基硅烷(GPDMES)、3‑(2,3)‑环氧丙基甲基二甲氧甲基硅烷(GPDMMS)、或3‑(2,3)环氧丙氧基丙基三甲氧基硅烷(GPTS)。所述富含氨基长链化合物包括壳聚糖、多聚赖氨酸、多聚组氨酸、聚亚乙基亚胺或聚烯丙基胺。本发明提供的滤纸接种大肠杆菌(8099)密度为1.8×105CFU/样，接种金黄色葡萄球菌(ATCC 6538)密度为1.9×105CFU/样，观察培养0h、18h后的细菌数量，计算得抑菌活性大于5.7，抑菌率为99％。