本发明公开了一种特高压直流输电系统损耗计量方法及系统。该方法包括：根据特高压直流输电系统的数字空间完整映射数据，确定深度多维关联特征并；根据所述深度多维关联特征与缺失信息及未知损耗的掩码数据标记信息，计算特高压直流输电系统内未知的分元件的损耗计量数据；基于深度卷积神经网络构建编码解码模型框架，训练及更新所述损耗计量数据，计算特高压直流输电系统分元件损耗。从而，能够在输入数据存在缺失的情况下直接计算所有损耗数据，能够通过关联关系高维映射和深度特征提取实现高精度的损耗计量，具有足够的泛化能力，适用于各个电压等级的特高压直流输电系统。