本发明涉及了一种发电机的转子匝间短路故障定位方法、系统及存储介质，该转子匝间短路故障定位方法包括：在发电机的转子旋转一周的时段内，实时采集磁通探测线圈所探测的多个感应电势；根据多个感应电势的数据值及采集序号，确定出每个磁极下各个转子槽所对应的感应电势；对不同磁极下相应转子槽所对应的感应电势进行绝对值比较，并将绝对值最小的感应电势作为第一数据，将绝对值非最小的感应电势作为第二数据，且根据第一数据与第二数据的绝对值差值判断第一数据所对应的相应磁极下的相应转子槽是否发生匝间短路故障。实施本发明的技术方案，不依赖于转子鉴相信号，适用于不对称磁极结构的发电机，还不受负载状态及转速变化的影响。