本发明提供了一种风力发电数据修补方法和系统，包括：获取风力发电时序数据，并确定所述风力发电时序数据中缺失部分；以所述风力发电时序数据中缺失部分为界，利用集成经验模态分解算法进行双向模态分解得到多个双向模态数据序列和剩余分量；利用预先建立的双向预测模型对所述双向模态数据序列和剩余分量进行预测，得到双方向上的预测结果；将所述双方向上的预测结果进行拟合得到修补后的风力发电时序数据；本发明避免了直接对非平稳非线性的时间序列数据进行预测，有利于更精确的预测风电数据。