本发明公开了一种甚高频数据交换系统用户身份双向验证方法及系统，该方法适用于VDES卫星系统，岸站向船站发送一个随机数；并根据所述随机数进行高级加密标准AES加密计算得到比对数据；所述船站根据所述随机数进行AES加密计算得到响应数据并发送所述岸站；所述岸站将接收到所述船站返回的响应数据与所述比对数据对比；当所述响应数据与比对数据一致时，确认所述船站通过验证。本发明提出的方案中，通过让船舶在海上通过AES加密算法和随机数进行计算，可以在离线情况下对船舶VDES终端的真实性和合法性进行验证，一定程度上保障了海上航行的安全。