本发明公开一种全光纤电流互感器测量数据自恢复方法及系统，包括获取t时刻同一测点下的多台全光纤电流互感器分别所测得的电流幅值信息；基于电流幅值信息，确定异常全光纤电流互感器；基于异常全光纤电流互感器的电流幅值测量数据，计算t时刻异常全光纤电流互感器测量数据的初始估计值；对t时刻异常全光纤电流互感器测量数据的初始估计值进行迭代校验，得到t时刻异常全光纤电流互感器的准确测量数据；基于t时刻异常全光纤电流互感器的准确测量数据，对t+1时刻异常全光纤电流互感器的测量数据进行自恢复。本发明在全光纤电流互感器的整体误差状态出现异常时，通过对异常全光纤电流互感器的测量数据进行修正，实现测量数据的自恢复。