本发明公开一种配电网光伏和储能协同谐波治理的优化运行方法，选择谐波源为含有预期数量非线性负荷的用户，根据其容量及工作时发出的谐波电流的大小，预留特定的容量，选择合适的有源电力滤波器，并计算有源电力滤波器治理谐波所需的费用；将谐波源并入含光伏电站和储能系统的配电网中，在不进行任何谐波治理的情况下，计算全网的谐波含量；构建光伏和储能协同谐波治理运行优化模型并求解。本发明通过对不同逆变器的功率、容量和运行状态以及全网谐波治理的成本进行约束，合理分配各时刻各逆变器输出的谐波电流大小，对两种分布式电源进行联合调控，实现全网的谐波治理效果最优，提高可再生能源的利用率。