本发明公开了一种防污抗菌的水性木器漆及其制备方法，属于水性涂料技术领域，包括如下重量份原料：硅丙乳液100份、氟硅烷5‑6份、改性二氧化硅2‑3份、润湿剂0.2‑0.3份、消泡剂0.3‑0.4份、增稠剂0.2‑0.3份、成膜助剂7‑9份、纯净水25‑35份。本发明以硅丙乳液为成膜基质，并加入了氟硅烷和改性二氧化硅，氟硅烷与二氧化硅作用，促进疏水表面的形成，使漆面具备疏水防污特性；二氧化硅经过改性，实现在漆料中的均匀分散，起到无机粒子增强作用；其表面接枝有季铵盐分子长链，赋予漆料良好的抗菌特性；二氧化硅接枝的分子链中含有能与木器表面的‑OH作用的功能基团，从而提高漆膜的附着力和力学性能。