本发明提供一种基于降水与地下水均衡的人饮工程供水方法及系统，属于饮水工程技术领域。该供水方法包括以下步骤：获取单户降水存量Q；获取单户允许最低降水存量Qmin；获取单户日均用水量q；确定单户日均地下水供水量d；其中，当Q＞Qmin时，d＝ηq；当Q≤Qmin时，d＝q；其中，η为应急供水修正因子，0＜η＜1；根据单户日均地下水供水量d，计算日均地下水供水总量D。在“人饮工程”项目建设及运行过程中，考虑对降水的利用，合理调配降水和地下水的供水量，实现降水与地下水的均衡供给，在保障农村居民供水量充足的前提下，优先使用降水，减少地下水供水量，从而有利于保护地下水生态环境，有利于降低供水能耗，降低农村居民综合用水成本。