本发明涉及一种北斗授时多融合故障算法及装置，它包括以下步骤：DTU中的北斗授时故障定位模块捕获北斗卫星发出的脉冲信号；判断北斗信号，非正常，切换至常规对时算法；正常，DTU接受北斗高精度授时；DTU接受PT的采样数据，并依据时延对数据进行重采样，确保初步数据同步；DTU打包初步数据至处理模块，结合北斗授时分频脉冲信号，进行差值计算，完成本侧设备所有数据同步；通过5G信道，完成本侧DTU与对侧DTU的数据交互；基于两侧采样数据搭建数据窗，在采样点标准化处理后，进行缺失点插值，并完成相关系数的计算，分析故障点位置，从而控制差动保护启动；本发明具有高精度对时能力、时间误差小、实时计算相关系数、确保差动保护的正确启动的优点。