本发明公开了一种高坝鱼类转运放流系统及其放流方法，属于水利水电工程和环保工程技术领域。该系统包括码头平台、卷扬机、运鱼箱和轨道车，所述码头平台设在高坝上游的岸坡上，所述岸坡上在码头平台的下侧并排设有若干根滑道，所述卷扬机设在码头平台上，所述轨道车活动设在滑道上，并与卷扬机连接，所述运鱼箱设在轨道车上。将运鱼箱放置到轨道车上后，通过卷扬机驱使载有运鱼箱的轨道车下移至库区水面附近，然后再将运鱼箱中的鱼类放流到库区水体中，这种放流方式尽可能地减小了运鱼箱与库区水面之间的高度差，大大减小了放流过程中摩擦和冲击对鱼类的伤害。