本发明涉及卫星授时技术领域，尤其涉及一种基于BD3的多卫星综合授时方法、系统、设备及介质，包括：根据每颗BD3授时卫星的卫星高度角，计算得到卫星高度角权重；对所有BD3授时卫星进行组合，生成授时卫星组合；在每轮迭代中，遍历所有授时卫星组合，并根据各授时卫星组合中的卫星高度角权重，计算得到卫星授时权重，以根据卫星授时权重进行终端设备授时，获取卫星组合授时误差；根据每轮迭代的卫星组合授时误差，筛选出用于终端设备授时的最优授时卫星组合。本发明通过高度角权重和授时误差变化动态阈值迭代实现最优的授时卫星组合选择，减小了链路波动对于授时性能的影响，提高了BD3系统的授时精确度。